แบ่งออกเป็น ๖ ห้องคือ
๑. ห้องจัดแสดงสินค้าและชีวิตชาวเรือ ในห้องนี้จะเป็นการแสดงให้เห็นถึงการพาณิชย์นาวีในสมัยโบราณ เส้นทางการเดินเรือ เมืองท่าโบราณ สินค้า จัดแสดงโยใช้เรือสำเภาจำลองเท่าขนาดจริง
จำลองสภาพของสินค้า ตลอดจนสภาพชีวิตความเป็นอยู่ในเรือที่มิใช่เป็นเพียงพาหนะ แต่เป็นเสมือนบ้านของพวกเขา ยังมีมีสินค้าที่บรรทุกเพื่อส่งออกเช่น ไม้สัก เซรามิค เป็นต้น บรรทุกไว้ให้ชม
๒. ห้องแนะนำปฏิบัติการโบราณคดีใต้น้ำ แสดงเรื่องราวเทคนิคการทำงานของโบราณคดีใต้น้ำ จำลองภาพของจริงของแหล่งโบราณคดีใต้น้ำ วิธีการทำงาน ตลอดจนเครื่องมือต่าง ๆ ที่ใช้ในการปฏิบัติงานจริง
๓. ห้องคลังเก็บโบราณวัตถุ แสดงให้เห็นถึงการเก็บรักษาโบราณวัตถุ ภายในพิพิธภัณฑ์ ปกติแล้วจะไม่มีการเปิดให้ได้เห็น แต่ที่นี่มีช่องกระจกให้มองเห็นได้
๔. ห้องแสดงเรือและชีวิตชาวเรือ จัดแสดงเรื่องเรือในประเทศไทย ว่ามีเรือชนิดใดบ้าง เรือแบบใด ใช้กันอยู่ในแถบใด แสดงโดยเรือจำลองที่ทำย่อส่วนตามความจริงเพื่อให้ผู้ชมได้รู้จักเรือที่บางชนิดก็อาจจะเคยได้ยินแต่ชื่อ และส่วนตัวของผมเองก็พึ่งทราบคราวนี้ว่า เรือไทยมีถึง ๒๙ ชนิด
ยุคประวัติศาสตร์ที่เมืองจันทบุรี เหตุการณ์สำคัญและเรื่องของชนเผ่าพื้นเมืองดั้งเดิมของจันทบุรี
การก่อตั้งเมือง มรดกทางธรรมชาติ สถานที่ท่องเที่ยวและของดีที่มีชื่อเสียงของจันทบุรี
